Natürliche Fließgewässer verändern ständig ihren Verlauf. Unterschiedliche Fließgeschwindigkeiten führen zu einer steten Erneuerung und Veränderung gewässertypischer Strukturen. So entstehen und verschwinden Kiesbänke, Steilufer und Kolke. Im Mittelgebirge haben Flüsse und Bäche relativ schmale Auen, in die sie bei Hochwasser ausufern. Fluss und Aue bilden dann eine Einheit. Die Mäander sind relativ klein, es wechseln sich aber tief ausgespülte Ufer mit flachen Rieselstrecken ab. Unter ausgespülten Weidenwurzeln finden große Forellen und andere Fischarten ideale Verstecke. Auch Vogelarten wie die Wasseramsel profitieren von diesem Strukturreichtum.
Natürliche Fließgewässer werden meist von Auwäldern oder Bruchwäldern begleitet, doch wurden diese bei uns in vielen Flusstälern zum Teil schon vor Jahrhunderten gerodet und durch extensiv genutztes Grünland ersetzt. Auf einigen Flächen sind sie jedoch an der Dhünn noch als Erlen-Eschen Waldgesellschaften erhalten.
Als Referenzgewässer sind natürliche Fließgewässer die Messlatte für den sehr guten ökologischen Zustand, der in der neuen europäischen Wasserrahmenrichtlinie gefordert wird.